Al igual que en la tierra, en la composta, se multiplican infinidad de poblaciones microbianas, dada la abundante materia orgánica en descomposición puesta a su disposición.
Las poblaciones microbianas más activas se encargan del 95% de la actividad descomponedora en la composta, entre estas poblaciones encontramos a las bacterias, los hongos y los actinomicetos. Mientras que el 5% restante se encarga de realizar el resto y está conformado por algas y protozoos.

Pero ¿sabemos cómo llegan estos microorganismos a nuestra composta? La mayoría de las poblaciones bacterianas llegan a través de materiales orgánicos empleados, principalmente si añadimos excrementos de animales (estiércol) o residuos vegetales. Otras poblaciones llegan directamente a través del aire, el agua o el suelo donde se encuentra la composta.
Cada población microbiana requiere de ciertas condiciones de hábitat y nutrición diferentes, por lo cual, durante el proceso de compostaje la actividad microbiana va cambiando continuamente dependiendo de la fase en que se encuentre nuestra composta.

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